如果1999年的医师资格证书丢失了，可以尝试通过以下方式查询：
1.前往当地卫生计生委或卫生局，提供本人身份证明和医师资格证书的相关信息，进行查询和补办。
2.前往中国卫生人才网（http://www.mohrss.gov.cn/），点击“人事档案查询”栏目进行查询，但需要先注册并提交本人基本信息。该网站提供了国家和地方的卫生人才档案查询服务，可以查到医师资格证书的相关信息，但是否包含1999年的信息需要查询验证。
3.如果以上方式不行，可以联系当地的卫生行政部门或卫生职业教育机构，咨询是否有其他途径可以查询到医师资格证书的信息。
需要注意的是，医师资格证书是非常重要的证件，如果丢失，请及时补办。同时，查询时应当提供真实、准确的个人信息，以免造成不必要的麻烦。