可以使用以下工具：1.修复画笔工具（修复刷子）：该工具可以帮助你通过对选定区域进行修补，移除像素蛋糕的瑕疵。当你使用这个工具时，需要选择与瑕疵区域相似的区域进行修补。2.克隆工具：通过以图像中的一个区域为模板，将其克隆到另一个区域，即可移除像素蛋糕中的瑕疵。这个工具适用于将图像中的一个区域复制到另一个区域，从而将瑕疵完全去除。3.钢笔工具：可以使用钢笔工具在对象的周围绘制路径，从而帮助你更好地选择瑕疵区域，并进行修补。
总的来说，手动除去像素蛋糕中的瑕疵需要耐心和一定的技巧，需要不断地调整工具和选项，直到达到最佳的效果。