当快递选择到付，但是收件人又不在时，可以采取以下几种方式处理：
1. 联系快递员：首先，可以尝试联系负责配送的快递员，告知对方收件人不在，询问是否可以再次安排配送。
2. 延期配送：如果快递员无法再次安排配送，可以选择延期配送，让快递公司在收件人返回后再进行配送。
3. 变更收件人：如果收件人在一段时间内都无法收到快递，可以选择将收件人变更为其他人，比如同一小区的亲朋好友。
4. 寄存快递柜：如果快递公司有提供快递柜服务，可以选择将快递寄存到快递柜中，收件人可以随时凭码取件。
5. 退货处理：如果以上方法都无法实现，那么可以选择退货，将快递退回到发货地点。
以上处理方式需要根据具体情况进行选择，同时也需要和快递公司进行良好的沟通，以保证快递能够顺利送达。