1、品种原因
南瓜经过多年的栽培选育，品种众多，有些品种在种植时不适合当地的种植环境气候，所以会出现烂心、烂果的现象。
防治方法：选择生长强健、抗病、抗逆性强符合当地环境的品种种植，比如蜜本南瓜、黄狼南瓜以及磨盘南瓜这三个品种是南瓜中的佼佼者，它们适应力强，能在多种环境生长，而且抗病、抗逆性强，还耐热。
2、管理不当
南瓜是喜温的短日照植物，有较强耐旱性，但忌涝，如果种植过程中长时间接触猛烈阳光直射，或者种植浇水不当或阴雨天，导致土壤积水过多，造成板结，通透性较差，根系的吸水过多，导致南瓜的含水量提高，再土壤接受强光，就很有可能出现烂心、烂果现象。
防治方法：在南瓜进入果实膨大期时，要严格控制湿度、光照，在浇水后要及时通风，降低空气湿度，在阴雨天后要及时排水。平时要及时除草松土，增加土壤通透性，促进根系生长，增加营养的输送能力，让果实快速生长发育。
3、病害
在种植时很多病害都会导致南瓜出现烂心、烂果的现象，比如疫病、病毒病、炭疽病等病害都会造成南瓜烂心、烂果。
防治方法：种植前新高脂膜拌种处理，这样可消除种子表面携带的病菌，将土壤深翻晒白，消灭土壤中的病菌，这样可在源头将病菌隔绝感染。种植时合理密植，追施磷钾肥，提高植株的抗病力，及时观察，发现病害及时用药剂处理。